Wenn im ConfigFile die EPUB3-Fußnoten-Funktionalität aktiviert ist, dann werden die Fuß- und Endnotenzähler auf der Fußnotenseite standardmäßig mit einem HTML-Attribut (hidden="hidden") ausgeblendet. Das hat den Vorteil, dass iBooks den Fußnotenzähler im EPUB3-PopUp nicht doppelt darstellt.

Allerdings muss man dann den Zähler für andere Lesegeräte wieder aktiv im EPUB-CSS einblenden:

span.fussnotenzaehler, span.endnotenzaehler {
	display: block;
	visibility: visible;
}

Da in iBooks-PopUp-Fußnoten kein CSS ausgewertet wird, findet diese Regel in iBooks-PopUps keine Anwendung und der Zähler bleibt versteckt. Andere Lesegeräte hingegen werten diese CSS-Regel auf der Fußnotenseite korrekt aus.