Auch wenn EPUB3-Dateien grundsätzlich auf EPUB2-Readern geöffnet werden können und lesbar sind, werden höchstwahrscheinlich alle Features nicht nutzbar sein, die erst mit EPUB3 eingeführt wurden. Insbesondere betrifft dies:
Interpretation von CSS-Eigenschaften, die erst mit CSS 3 eingeführt wurden
Unterstützung von Audio- und Video-Dateien sowie Readaloud-Funktionen
Rendering von SVG- und MathML-Content
Ausführung von eingebettetem Javascript-Code
Interpretation von Informationen aus dem EPUB Navigation Document (toc.xhtml)
Das Verhalten der EPUB-Reader-Engines an dieser Stelle kann sich je nach Plattform u.U. stark unterscheiden.